大気汚染や、表流水の水質汚濁と異なる地下水汚染独自の特徴がある。地盤中の汚染問題であることから、土壌汚染と重複する点が多い。
公害を体感しにくいこと
地下水汚染は、体感しにくい公害である。有害物質であるにもかかわらず、それが地下に浸透することにより、目視・においを体感しにくくなり、有害性を感じにくくなってしまう。有害物質を地下に浸透させるという行為は、体感できないがゆえ、公害を発生させているという認識が甘くなり、結果として公害の防止対策として低く扱われてしまう。各種法令等の公害防止施策が制定される以前は、屋外ヤードに野積みによる漏出や、行政指導による工場敷地内への廃水の地下浸透など、地盤に有害物質が染みこみやすい状況にあった。
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長期にわたり滞留・蓄積する（拡散が非常に遅い）こと
地下水に浸透した有害物質は、帯水層の地層・土壌への吸着などの現象により、また地下水自体の流速が極端に遅いことにより、滞留・蓄積性の高い汚染現象といわれる。
地盤の環境機能は公共財的性格が強いが、土地は所有者の私的財産であること
地盤の持っている環境機能は、大気や陸水と同様、ほぼ公共財として機能している。ところが地盤そのものは土地として私有財産となっており、この環境機能も土地の構成要素として含まれている。地下水汚染の対策では、この憲法で保障された私有財産に様々な制限を加えることが考えられる。この点については、地盤沈下（私有財産としての地下水の無制限な過剰揚水が原因）公害の対策を発端として、昭和40年頃から「地下水の私水論/公水論」が議論されている。